“暗影联盟”被成功摧毁，城市逐渐恢复了往日的平静。然而，柯南等人并没有因此而放松警惕，因为他们深知，邪恶的力量往往不会轻易消失。

柯南回到学校，同学们都对他的英勇事迹赞不绝口，但他只是谦虚地笑笑，继续专注于学业。然而，在课堂上，他却时常陷入沉思，担心“暗影联盟”是否还有残余势力隐藏在暗处。

毛利兰在空手道馆里训练得更加刻苦，她深知自己的实力在面对未知的危险时还远远不够。每次训练结束，汗水湿透了她的衣衫，但她的眼神中充满了坚定。

林羽则把自己关在房间里，不断改进和研发新的科技装备，他希望在未来的战斗中，这些装备能够发挥更大的作用。

灰原哀在实验室里忙碌着，她对从“暗影联盟”据点带回来的病毒样本进行深入研究，试图找出彻底消除这种病毒威胁的方法。

一天，毛利小五郎接到了一个神秘的电话。电话那头的声音低沉而沙哑，警告他“暗影联盟”的复仇即将来临。

“你是谁？别在这装神弄鬼！”毛利小五郎愤怒地吼道。

但电话那头只是传来一阵冷笑，然后就挂断了。

毛利小五郎将这个消息告诉了柯南等人，大家的心情再次变得沉重起来。

“这可能是个恶作剧，但我们也不能掉以轻心。”柯南说道。

于是，他们开始暗中调查这个神秘的电话。通过追踪电话信号，他们发现这个电话来自城市的一个废弃工厂。

柯南等人决定前往这个工厂一探究竟。当他们走进工厂时，里面弥漫着一股腐臭的气味，到处都是破旧的机器和堆积如山的垃圾。

“小心点，大家。”柯南提醒道。

他们小心翼翼地在工厂里搜索着，突然听到了一阵脚步声。

“有人！”毛利兰低声说道。

他们躲在一个机器后面，观察着脚步声的方向。只见几个黑影朝着工厂深处走去。

柯南等人悄悄地跟在后面，来到了一个地下室。地下室里摆满了各种实验仪器，还有一些文件和电脑。

“看来这里是‘暗影联盟’的一个秘密实验室。”林羽说道。

就在他们准备进一步查看时，突然灯光亮起，一群人出现在他们面前。

“你们果然来了。”一个为首的人说道。

柯南定睛一看，发现这个人是“暗影联盟”的一个高级成员，之前在战斗中逃脱了。

“你们还不死心？”柯南说道。

“哼，我们的计划不会这么容易被你们破坏的。我们已经找到了新的合作伙伴，你们等着瞧吧。”说完，他按下了一个按钮，地下室里顿时充满了烟雾。

柯南等人在烟雾中迷失了方向，等烟雾散去，“暗影联盟”的人已经不见了踪影。